医疗器械环氧乙烷气相色谱仪要分析的样品往往是复杂基体中的多组分混合物，对含有未知组分的样品，首先必须将其分离，然后才能对有关组分进行进一步的分析。混合物的分离是基于组分的物理化学性质的差异，医疗器械环氧乙烷气相色谱仪主要是利用物质的沸点、极性及吸附性质的差异来实现混合物的分离。
待分析样品在汽化室汽化后被惰性气体(即载气，一般是N2、He等)带入气相色谱仪色谱柱，由于样品中各组分的沸点、极性或吸附性能不同，每种组分都倾向于在流动相和固定相之间形成分配或吸附平衡。但由于载气是流动的，这种平衡实际上很难建立起来，也正是由于载气的流动，使样品组分在运动中进行反复多次的分配或吸附/解附，结果在载气中分配浓度大的组分先流出色谱柱，而在固定相中分配浓度大的组分后流出。
当组分流出色谱柱后，立即进入检测器，检测器能够将样品组分的存在与否转变为电信号，而电信号的大小与被测组分的量或浓度成比例，当将这些信号放大并记录下来时，就形成了色谱图。
医疗器械环氧乙烷气相色谱仪载气的性质对柱效和分析时间有影响；当载气的质量较小时，载气的相对质量优于载气的相对质量；使用轻载气有助于提高分析速度，但柱效低；低速时最好使用，既能提高柱效，又能降低噪音；此外，载气的选择应从检测器的灵敏度考虑。
医疗器械环氧乙烷气相色谱仪中如何选择理想的柱温操作条件？
1、柱温一般在或略低于分析物的平均沸点；
2、柱温不得高于固定溶液的最高工作温度，且不得低于样品分解温度；
3、特殊情况下，柱温也可以远低于柱温(环己酮中的环己基过氧化氢色谱分析中环己酮的沸点在160度以上，峰型和峰速非常好使用柱温55度时)。
